 La fertilidad de un cauce es a grandes rasgos la sumatoria de las condiciones del agua, el tipo de lecho y la cubierta vegetal externa que posea. Estos factores condicionan la calidad y abundancia de la vegetación subacuática macroscópica y microscópica, que a su vez sostiene la vida animal, en un sistema complejo y muy eficiente de interrelación y dependencia. Nuestro país está condicionado por su estructura, geológicamente muy joven y volcánica, por su clima y por la alta pendiente especialmente en los tramos superiores, a poseer cauces de fondo pedregoso o rocoso y de alta velocidad de flujo. Son los denominados "freestones" de la literatura inglesa. A grandes rasgos se caracterizan por poseer aguas puras, frías y muy oxigenadas, de pH ácido o neutro y pobres en nitrógeno. Su régimen de flujo es para la región central y centro-sur, nival y pluvial, lo que origina grandes cambios estaciónales, y no infrecuentes crecidas y mermas máximas, moderadas por el desarrollo de la cubierta vegetal del cauce. Todo esto condiciona que las truchas de este tipo de corrientes de agua tengan por un lado condiciones ideales en cuanto a calidad de aguas, pero moderada a escasa alimentación, inestables condiciones de flujo y temperatura, y no infrecuentes catástrofes. Esto incide hasta tal punto que es raro encontrar truchas de buen tamaño habitando permanentemente un arroyo o estero mediano. De haberlas son habitantes temporales en estaciones determinadas del año. Descendiendo en latitud, a pesar de que las condiciones del fondo son básicamente las mismas hay hechos que mejoran notoriamente las condiciones del hábitat. En la gran mayoría de los casos, los ríos de estas regiones están regulados por lagos, esto condiciona flujos estables, y sólo muy ocasionalmente se presentan crecidas o mermas que pongan en peligro la estabilidad de la vida vegetal y animal. Por otro lado el caudal de las aguas, mucho mayor, garantiza mejor y mas variada alimentación, especies forrajeras que no se desarrollan en caudales pequeños y posibilidad de encontrar locaciones de descanso y protección. La cubierta vegetal, por un lado estabiliza los cauces y por otro proporciona variación al menú, aportando animales no acuáticos en cantidades no despreciables. El gran peligro de estos ríos y arroyos es el hombre. La contaminación por un lado, sin contar los tóxicos, producen aumentos desproporcionados de N en el agua, que a su vez activa el desarrollo de microorganismos consumidores de O2, esto es especialmente crítico en aguas detenidas con bajo nivel de renovación, a las cuales convierte en eutróficas de fondo pobre. Por otro lado la construcción de presas, que podrían tener algún efecto benéfico como reguladoras de flujo, cortan el devenir natural de las truchas. Al estar además supeditadas a las necesidades humanas, rara vez sus niveles son estables, impidiendo el desarrollo de vegetación subacuática. Este tipo de ríos por ser pobres basan sus mejores cualidades en la excelente calidad de sus aguas, que precisamente es la mas vulnerable y la que primero deteriora el hombre.
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